Операционные системы, которые уже включают по умолчанию пакет phpMyAdmin будут автоматически обновлять его, но так бывает далеко не всегда. Более того, процесс настройки сильно варьируется в зависимости от набора пакетов установленных в операционной системе, либо от персональных настроек администраторов, что в итоге может не соответствовать официальной документации phpMyAdmin. Также важно понимать, что версии phpMyAdmin 4, в частности крайняя актуальная версия phpMyAdmin 4.9.4 поддерживают версии PHP от 5.5 до 7.4, а версия phpMyAdmin 5 имеет поддержку только PHP 7.1 и новее. Поэтому, прежде чем приступить к обновлению следует заранее определиться с версией phpMyAdmin.
В этой статье будет показано как выполнить загрузку и установку последней актуальной версии phpMyAdmin.

Пошаговое обновление phpMyAdmin

1. Выполнить резервное копирование текущих папок и файлов конфигурации.
Переименовать каталог с phpmyadmin по умолчанию это /usr/share/phpmyadmin/.

sudo mv /usr/share/phpmyadmin/ /usr/share/phpmyadmin.bak

Создать новую папку для  phpMyAdmin

sudo mkdir /usr/share/phpmyadmin/

и перейти в нее, при помощи команды:

cd /usr/share/phpmyadmin/

2. Скачать и распаковать новую версию phpMyAdmin 
Как администратор сервера, Вы должны принять решение, какая версия phpMyAdmin будет использована на сервере. Сейчас актуальная версия phpMyAdmin 5, однако она имеет совместимость только с PHP версии 7.1 и выше. phpMyAdmin 4.х последней актуальной версии 4.9.4 имеет совместимость с PHP версии от 5.5 до 7.4. 
Поэтому, прежде чем выполнить обновление phpMyAdmin, следует проверить текущую версию PHP можно выполнив следующую команду в консоли сервера: 

php -v

либо на главной странице phpMyAdmin в правой колонке посредине.

Если у вас установлена версия php 7.1 или старше, то рекомендуется использовать phpMyAdmin 5, тк phpMyAdmin 4 больше не развивается, и обновляются только критические ошибки и ошибки безопасности.
Чтобы найти актуальную версию phpMyAdmin необходимо зайти на сайт: https://www.phpmyadmin.net/downloads/ и скопировать ссылку на .tar.gz архив с phpMyAdmin необходимой версии, и скачать архив на сервер, в консоле сервера выполнив команду (для phpMyAdmin версии 5.0.1):

sudo wget https://files.phpmyadmin.net/phpMyAdmin/5.0.1/phpMyAdmin-5.0.1-all-languages.tar.gz

После скачивание, архив необходимо распаковать, для этого выполнить команду: 

sudo tar xzf phpMyAdmin-5.0.1-all-languages.tar.gz

Далее следует перенести содержимое из архива в папку /usr/share/phpmyadmin, выполнив команду:

sudo mv phpMyAdmin-5.0.1-all-languages/* /usr/share/phpmyadmin

После выполненных операций можно открыть страницу с phpMyAdmin и проверить ее на наличие ошибок и предупреждений.

3. Отредактировать vendor_config.php и исправить config-файлы.
Возможные ошибки:
При запуске возникла ошибка указывающая на переменную $Cfg['TempDir']  и недоступность tmp папок.
Для ее исправления необходимо отредактировать файл vendor_config.php и заменить строку:

define('TEMP_DIR', ROOT_PATH . 'tmp/');

на строку:

define('TEMP_DIR', '/var/lib/phpmyadmin/tmp/');

также в файле /usr/share/phpmyadmin/libraries/vendor_config.php следует изменить строку: "define('CONFIG_DIR" на строку с актуальным конфиг файлом, например:

define('CONFIG_DIR', '/etc/phpmyadmin/');

Если phpMyAdmin показывает предупреждение о парольной фразе blowfish, то наполните ее случайным набором символов, приведя ее к виду:

$cfg['blowfish_secret'] = 'asdLIUGdStrCePklafewfsvGHTWVcIwhjQgXE6sJj55HrNGjgjcf';

Параметр blowfish_secret используется phpMyAdmin для cookie аутентификации. 

4. Очистить ОС от скачанных файлов и временных папок 
После успешного обновления phpMyAdmin следует удалить временные и пустые папки и скачанные архивы. Удалить архив tar.gz и пустые папки можно выполнив следующие команды: 

sudo rm /usr/share/phpmyadmin/phpMyAdmin-5.0.1-all-languages.tar.gz

sudo rm -rf /usr/share/phpmyadmin/phpMyAdmin-5.0.1-all-languages

Если вы уверены, что Ваша новая установка phpMyAdmin работает правильно, то также можно удалить папку /usr/share/phpmyadmin.bak, которую создавали для резервного копирования конфигурации, выполнив команду:

sudo rm -rf /usr/share/phpmyadmin.bak